『グリッドマン ユニバース』その後の物語

複数の宇宙が融合する一大事件・グリッドマンユニバースの戦いが終わり、響裕太たちの住むツツジ台に平穏が戻った。裕太は、ずっと想いを寄せていた六花に告白。無事に願いが叶い、平和な世界で二人の交際が始まった。
しかし、六花の誕生日が近づいてきたある日、裕太たちの周りで不思議な事件が起こり始める。
ジャンクを買い取ろうとする客がやけに増える、グリッドマンや怪獣の目撃情報、出現するもう一人の南夢芽など。様々な不可思議現象は、人間の願いを叶える怪獣の仕業ではないかと推測していく。
グリッドマン同盟、新世紀中学生、ガウマ隊、グリッドナイト同盟が続々と集結していく中、ついには新条アカネまでもが再びツツジ台を訪れる。彼女は本人か、それとも――。
果たして願いを叶える怪獣の真意は。そして?グリッドマンユニバースが残した宇宙?とは……？
事件を解決するため全員が力を合わせ、さらにグリッドマンは新たな手段で怪獣に挑む！