X-MENの新たな歴史が幕を開ける！

ミュータントの国クラコアを人類に認めさせ、ついに世界に居場所を創り出したX-MEN。しかし、彼らの闘いはまだ終わっていなかった。未来において、ミュータントを滅ぼすことになる機械種族の誕生を阻止するべく、X-MENは人類の秘密組織と抗戦を続けていた。その一方で、ミュータントでありながら別の目的のために陰で暗躍する者もいて……？　X-MENは理想の世界を手にすることができるのか？