クローンを巡る陰謀にスパイダーマンが立ち向かう！

メイおばさんの再婚相手、ジョン・ジョナ・ジェイムソンSr.が亡くなった。彼を救えなかったピーター・パーカー（スパイダーマン）は自責の念に苛まれる。ジョンを救えるのは最新治療法「ニューUテクノロジー」だけだったが、ピーターはそれが危険であることを察知して、治療を拒否したのだ。時を同じくして、ニューUテクノロジーの治療を受けた患者が行方をくらませる事件が発生。事態の真相を解明するべく、ニューUの開発研究所に潜入したピーターの前に現れたのは……かつての恋人であり、今は亡きグウェン・ステイシーだった!?